Câu lạc bộ bóng đá đầu tiên ở Almería được thành lập vào năm 1909: el Almería Foot-Ball Club. Từ đó đến nay, đã có một vài câu lạc bộ ở Almería được thành lập hoặc giải thể. Một trong số đó là AD Almería, một đội bóng thi đấu ở La Liga giữa năm 1979-81, nhưng giải thể vào năm 1982, và được cho là tiền thân của UD Almería.

Vào năm 1989, câu lạc bộ named Almería Club de Fútbol được thành lập, nhưng vào năm 2001 thì đổi tên thành Unión Deportiva Almería. Vào ngày 19 tháng 1 năm 2001 thị trưởng của thành phố Almería Santiago Martínez Cabrejas thông báo trước hội đồng thành phố rằng câu lạc bộ mới UD Almería đã được thành lập sau khi hợp nhất hai đội thành phố – Polideportivo Almería và Almería CF. Nhưng UD Almería chưa là câu lạc bộ chính thức cho đến ngày 28 tháng 6 năm 2001, khi Almería CF phê duyệt tại Đại hội đồng cổ đông về việc đổi tên. Sau khi chơi một mùa giải ở giải hạng hai, họ bị xuống hạng xuống giải hạng ba và hạng tư.

Sau khi trải qua vài mùa giải ở giải hạng hai, đội bóng của Almería lần đầu tiên được thăng hạng lên La Liga sau khi về nhì ở mùa giải 2006–07. Sau khi có một màn trình diễn xuất sắc, như trận thắng Deportivo de La Coruña 3–0 trên sân khách trong trận đầu tiên tại La Liga, đội bóng đã giành được vị trí thứ 8 chung cuộc trong mùa giải 2007–08. Người dẫn dắt câu lạc bộ là huấn luyện viên Unai Emery, tiền đạo Álvaro Negredo đã được danh hiệu danh hiệu Vua phá lưới với 13 bàn thắng.